本署組織
本署隸屬法務部，並受最高檢察署之業務監督，辦理第二審檢察事務，依法院組織法及高等檢察署及其檢察分署處務規程之規定，組織及編制如下：
本署置檢察官若干人，其員額以法律定之，以一人為檢察長，並分組辦事，每組以一人為主任檢察官，監督各該組事務。本署設書記處、人事室、會計室、統計室、政風室、資訊室、紀錄科、執行科、文書科、研究考核科、總務科、資料科、訴訟輔導科、法警室等科室。本署總預算員額共363人。

檢察機關體系

檢察機關體系說明：我國檢察機關依法院審級，設最高檢察署、臺灣高等檢察署、臺灣高等檢察署臺中、臺南、高雄、花蓮檢察分署、福建高等檢察署金門檢察分署及二十二個地方檢察署，基於檢察一體原則，由最高檢察署檢察總長依法指揮監督該署檢察官及高等檢察署以下各級檢察署及檢察分署檢察官實施犯罪偵查、提起公訴、實行公訴、協助自訴、擔當自訴、指揮刑事裁判之執行及執行其他法令所定之職務。

本署所屬機關
本署所屬之機關分別為臺灣高等檢察署各檢察分署及各地方檢察署。 

檢察機關
1. 高等檢察署各檢察分署
臺灣高等檢察署臺中、臺南、高雄、花蓮檢察分署、臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署。
2. 地方檢察署
臺灣臺北、新北、士林、桃園、新竹、苗栗、臺中、彰化、南投、雲林、嘉義、臺南、高雄、橋頭、屏東、臺東、花蓮、宜蘭、基隆、澎湖地方檢察署。 

檢察官代表國家行使追訴權、行刑權，負有保障人民權益，維護國家社會法益之任務，在訴訟程序中立於原告之地位，與執掌審判之法院係相對立之兩機關，各自獨立行使其職務。依法院組織法第六十條規定，檢察官職權為實施偵查、提起公訴、實行公訴、協助自訴、擔當自訴、指揮刑事裁判之執行及其他法令所定職務之執行。

依刑事訴訟法規定，本署檢察官辦理之事務主要為：（刑事訴訟法第4、258、280、427條）

1. 基於檢察一體原則，監督所屬各級檢察署實施偵查、提起公訴、實行公訴、協助自訴、擔當自訴及指揮刑事裁判之執行。
2. 辦理訴訟轄區不服地方法院第一審判決提起上訴之刑事案件。
3. 偵辦內亂、外患、妨害國交罪之第一審案件。
4. 辦理訴訟轄區不服地方檢察署檢察官不起訴處分再議案件。
5. 指揮訴訟轄區刑事裁判之執行。
6. 監督所屬各級檢察署之行政業務。
7. 其他法令所訂職務之執行。

法院組織法第63條第2項、第111條第3款規定

本署並對所屬高等檢察署各檢察分署及各地方檢察署之行政業務有監督權。
受本署行政監督之機關，計有所屬各級檢察署25處。