一、民國40年代
從38年至41年6月2日，我國主要防制毒品之法律，為「禁煙禁毒治罪暫行條例」，惟41年6月2日屆期後失效，41年6月2日至44年6月3日期間，則是回歸由刑法鴉片罪章來規範。44年6月3日以後，立法院通過「戡亂時期肅清煙毒條例」並公布施行，故反毒之刑事法律規範則以「戡亂時期肅清煙毒條例」為主；另外麻醉藥品部分則是以18年11月11日國民政府制定公布全文22條之「麻醉藥品管理條例」為主要管制依據。

二、民國80年代
我國近代緝毒機制，可由82年5月12日行政院鄭重宣示「向毒品宣戰」，並訂定「行政院肅清煙毒執行計畫原則」開始說，即是要以統合全國整體的力量來反毒，82年12月24日行政院第47次治安會報決議，將原本由內政部主責召開之「中央肅清煙毒督導會報」，提昇至行政院層級，成立「中央反毒會報」，由當時王昭明政務委員擔任召集人，法務部部長及各相關部會政務次長、副首長、省市政府秘書長及各部會所屬機關首長為會報成員，並由法務部接辦秘書業務，每3個月召開會報1次，負責策劃政府反毒政策。
而反毒政策之落實，本署扮演著重要的角色，依據「行政院肅清煙毒執行計畫原則」所定任務分工4之2部分，及83年6月3日所召開之「全國反毒會議」決議，本署隨即訂定了「檢察機關加強查緝煙毒實施要點」，並於83年6月16日以檢義文清字第5965號函將草案陳報法務部核備，法務部於83年6月24日以法83檢字第13197號函陳報行政院，經行政院於83年7月15日以台83法字第27344號函准予備查，法務部再於83年7月21日以法83檢字15476號函准予備查，旋即本署於83年7月1日成立了「緝毒督導小組」，專責督導查緝毒品之協調合作工作，並協助各地方檢察署偵辦毒品案件，每3個月召開「督導會報」1次，以跨部會任務編組之方式，除本署及各分署及各查緝機關外，行政院農業委員會、國防部軍法局、財政部金融局、財政部關稅總局等單位亦派員在本署共同參與，各機關成員發揮協調、合作之精神，強化並落實我國反毒政策。
督導小組主要辦理事項有：督導各地執行小組工作績效、協調各查緝機關之聯繫配合事項、召開跨越二以上地方檢察署訴訟轄區緝毒案件之工作會報、有關販毒案件社情調查之研判與處理、研議解答各執行小組工作之疑義及提供必要之協助、受理毒品案件之檢舉及自首、審核各地執行小組陳報事項、蒐集販毒案件資訊，提供各執行小組參考、對緝毒有功或有廢弛職務情形有關人員之獎懲建議事項及其他有關緝毒督導事項等。
除了「緝毒督導小組」外，在當時19個地方法院檢察署（以下簡稱地檢署），結合各縣（市）警察局、法務部調查局之所屬縣（市）調查處站、地區機動工作組、縣（市）憲兵隊、內政部警政署保安警察第七總隊地區分隊、各港務警察所、海岸巡防司令部各巡防大隊或情報組、財政部關稅總局各地區關稅局、航空警察局各地區分局等單位派員，設立了「緝毒執行小組」，每3個月召開「執行會報」1次，就緝毒案件進行聯繫、管制及追蹤，並檢討成效，由檢察官指揮協調各緝毒機關，發揮團隊力量，將緝毒行動做一有效之整合及提昇，確實發揮整體緝毒績效。

三、民國90年代
行政院於90年1月31日以台90法字第001127號函將「行政院毒品危害防制方案」修正為「毒品危害防制方案」，其中將處理與反毒工作有關之整體性、跨部會議題之「中央反毒會報」，與內政部主責之「行政院強化社會治安專案會議」，以功能及性質相近為由，加以整併，然此舉已然卸除行政院全盤綜理之架構，又順勢將反毒納為各部會例行性業務；復將「中央反毒會報」率爾併入「行政院強化社會治安專案會議」運作，導致反毒議題附屬淹沒於內政部所主導之眾多社會治安工作子項目中，無法專注討論解決方案或對策，形成各部會間欠缺溝通協調考核，資源未能有效整合，難以統一反毒事權，無從結合民間力量，共同從事反毒工作。
縱使如此，本署為落實緝毒政策，仍依據「毒品危害防制方案」著手建立反毒情報網之緝毒資料庫，並由緝毒督導小組持續強化緝毒機關之組織、協調與合作工作。
直至94年11月14日行政院以院臺法字第0940034509號函修正了「行政院毒品防制會報設置要點」，在行政院設置了毒品防制會報，期結合政府及民間力量，貫徹毒品防制政策之執行，此以法務部部長為執行長之會報機制，本署具監督所屬各級檢察署之行政業務之職掌，其重要性不言可喻。

四、民國100年代
行政院107年5月8日第7次毒品防制會報及101年6月8日第8次毒品防制會報主席裁指示事項，將防制毒品之目標放在首重降低需求，平衡抑制供需，而102年6月6日行政院以院臺法字第1020136129號函核定之「防毒拒毒緝毒戒毒聯線行動方案」則以拔根斷源為緝毒政策方向，加強阻絕毒品供給，其中具體執行措施包括建立毒品資料庫、毒品中小盤之查緝及全國同步掃蕩校園毒品等專案，皆由本署進行相關規劃及統合。行政院復於104年6月15日以院臺法字第1040135872號函核定「有我無毒，反毒總動員方案」，緝毒面向之目標為「斷絕毒品供給」，主要查緝對象著重在毒品施用者、毒販小盤、中盤、大盤、國際盤、高風險場所，並廢止「防毒拒毒緝毒戒毒聯線行動方案」。本署負責（一）全面強力查緝中、小盤毒販；（二）建構「毒品施用者」及「中小盤毒販」資料庫；（三）持續向上溯源掃蕩，追查大盤或國際盤；（四）強化國際、兩岸緝毒機制及建立反毒策略合作等重要緝毒事項。