行政院於94年間，修正行政院毒品防制會報設置要點，在行政院設置了毒品防制會報，結合政府與民間的力量，以貫徹毒品防制政策之執行，由法務部部長為執行長，本署則負責監督所屬各級檢察署毒品防制行政業務。本署自102年8月的第12次毒品防制會報開始，負責彙報國內之毒品相關數據，並於105年第23次毒品防制會報中，首次由本署偵查資料中心與統計室合作，不僅彙整我國毒品的相關統計數據，也做出分析預判及警示，並針對發現的問題做出檢討，擬定因應策略，使政府及國人能對我國當前的毒品情勢有正確的解讀、認識，也供做國家毒品政策擬定的參考。行政院也依據本署所提出的毒品防制因應策略，陸續推動了全國同步查緝的「安居緝毒專案」，進行社區型販毒、邊境毒品、毒品工廠的等專案查緝，讓國人解瞭政府防制毒品的成效與決心。截至108年9月底止，已執行4波「安居緝毒專案」，成效斐然。
本署作為國家毒品情勢數據的發布機關，並負有統合六大緝毒系統之責任，提出具體的策略以為因應、解決毒品問題，為使毒品情勢分析能更加客觀，所以亦擬定「毒品趨勢與成效研析平臺計畫」，廣邀國內犯罪預防學者、專家擔任委員，定期召開會議，充實了毒品的各項指標，也讓各項毒品指標數據的解讀更為精準全面。
因為臺灣位處海島，毒品多由外國走私入境，最好的方式是將毒品防堵於境外，為了全面性的處理國內毒品問題，自有必要加強跨境毒品查緝之國際合作，所以亦擬定了「涉外毒品趨勢與走向研析平臺計畫」，定期指派國內一審實際從事跨境毒品查緝的檢察官至鄰近國家，與外國的緝毒執法機關交流、交換情資，互邀參訪、參加雙邊閉門會議等國際合作模式，共同打擊跨境走私毒品，已參訪菲律賓、越南、泰國等國家。108年8月間由本署王檢察長帶領8名檢察官遠赴澳洲參訪，帶回相當多的資料與想法，成果豐碩。在108年10月份起，也將在我國陸續舉辦與其他國家的雙邊閉門會議，希望透過逐次的交流合作、分享情資，可以將國際互訪、國際研討會議常態化，透過輪流互邀互訪，共同打擊毒品犯罪。

本署在83年7月1日設立了「緝毒督導小組」，專責督導查緝毒品之跨機關統合、協調合作工作，並協助各地檢署偵辦毒品案件，本署每3個月召開「督導會報」，其中關於毒品獎金的審核，因為各司法警察機關之請領標準不一，或有浮濫之嫌，所以本署成立檢舉及查獲毒品獎金審議小組，由本署毒品專組主任檢察官、檢察官及聘請海巡、調查、關務、刑事警察局、憲兵隊代表等外部委員組成，共同審查毒品獎金的請領案，因毒品工廠的特別獎金金額頗巨，有必要齊一認定標準，故陸續透過此機制，將各級、各類毒品製造工廠之認定標準，在會議中做成決議，並經陳報法務部核備之方式，訂定認定標準，使毒品工廠獎金之准駁有標準化的依據。

行政院於104年9月21日修正「行政院毒品防制會報設置要點」，設立「防毒監控」、「拒毒預防」、「緝毒合作」、「毒品戒治」及「綜合規劃」工作分組，由法務部主責緝毒合作組，此組的工作重點在於：
一、國際及兩岸緝毒合作之持續強化。
二、邊境及關區毒品查緝之效能提昇。
三、緝毒合作團隊之緊密整合。
四、以司法協助毒癮戒治方案之持續推動。
依106年5月11日行政院提出「新世代反毒策略」，同年7月21日訂頒之「新世代反毒策略綱領」，本署負責統合檢察、調查、警政、海巡、憲兵、關務等緝毒六大系統，有鑒於大盤毒品案件，通常只查獲最底層的交通運輸角色，為斷根溯源，將幕後金主、主嫌查緝到案，瓦解幫派、集團勢力介入，有必要整合各單位、嚴守偵查不公開，以為溯源爭取必要的時間與空間，故為控管、整合大盤毒品之查緝與重大毒品之溯源，本署於107年7月，擬訂「全面清查重大毒品案件實施計畫」並陳報法務部核備，由六大緝毒系統按時陳報符合重大毒品案件標準的立案偵辦中案件以為列管整合。(詳細內容請參閱第壹篇第九章政府緝毒策略中臺高檢署之角色暨功能。)