由於幫派組織混入群眾滋擾事件的發生，直接挑戰國家安全與社會秩序的維持，本署乃邀集各級檢察機關、司法警察機關及相關權責機關，擬訂「臺灣高等檢察署督導偵辦重大危害國家安全及社會秩序案件實施計畫」，報奉法務部以106年5月17日法檢字第10600079900號准予備查，並自106年5月23日生效。
依實施計畫於本署設置「偵辦重大危害國家安全及社會秩序案件督導小組」，由檢察長擔任召集人，除檢察機關由檢察長出席外，其餘機關指派副首長擔任，成員包括國防部政治作戰局、國防部憲兵指揮部、行政院海岸巡防署、內政部警政署、內政部移民署、法務部調查局及本署指定之高等檢察分署以下各級檢察署。國家安全局、法務部及最高檢察署均派員列席。督導小組每4個月召開督導會議1次，會議時間訂於每年2月、6月及10月。

本小組偵辦案件，包括：
一、刑法外患罪及其相關罪名。
二、幫派參與刑法第135條、第136條之妨害公務罪及第149條至第154條之妨害秩序罪。
三、陸海空軍刑法第17條第1項第2款、第20條至第22條之罪。
四、違反國家機密保護法之罪。
五、組織犯罪防制條例之罪。
六、國家安全法第5條之1之意圖危害國家安全與社會安定罪、第6條之無正當理由拒絕逃避檢查罪。
七、國家情報工作法第30條、第30條之1及第31條之洩漏、交付、刺探、收集資訊罪。
八、臺灣地區與大陸地區人民關係條例第79條第1項至第4項之罪。
九、香港澳門關係條例第47條之罪。
十、受外國勢力或境外敵對勢力指使、資助從事其他重大危害國家安全或社會秩序之罪。

本小組旨在就實施計畫第2點所列犯罪，全面追究刑責，檢察機關遇到第一線辦案單位報請指揮，或偵辦是類案件時，必須嚴密追訴，於合乎聲請羈押要件時，應即聲請羈押，並依涉案情節輕重審慎具體求刑。107年11月的九合一選舉，在各權責機關的情資共享、通力合作下，順利達成政府交付的使命，確實維護了整體的國家安全與社會秩序。迄108年10月共召開8次會議。
為增進檢察官及法官對中共滲透我國影響國家安全及社會秩序之現況及手法之認識，俾利案件偵辦、起訴定罪率之提高及量刑之妥適性，依「偵辦重大危害國家安全及社會秩序案件」督導小組第3次督導會議第3號提案決議，本署與國家安全局於107年5月3日在法務部司法官學院合辦「國安案件偵處實務研習會」，邀請臺灣高等法院曾審理國安案件楊力進庭長講授「國家安全情報監察現況之檢討與展望」，檢察官、法官、國安及調查等機關人員共90人參加。