86年3月間，行政院衛生署（現改制行政院衛生福利部）實施醫藥分業新制，所屬中央健康保險局（現改制為中央健康保險署，下稱中央健保局）為配合推動，於86年5月間施行鼓勵措施，規定診所將處方交由病患自行在外選擇藥品調劑處所者，加計診察費25點給付，部分醫師紛紛在診所門前或附近設立藥局，聘請藥事人員經營，再將開立處方箋交由病患持至藥局調劑藥品（俗稱門前藥局），從中賺取交付處方箋之診察費25元及藥局之藥事服務費差額11元、日劑藥費差額15元等共計51元之費用（95年1月1日起經調整支付標準，賺取費用為診察費25元、藥事服務費差額24元，共計49元），造成全民健保資源遭受侵蝕，引發當時社會各界關注。

「門前藥局」賺取健保費用差額，是否構成刑事犯罪，認定標準為何，以何方式處置較為適當，牽涉醫師、藥師利益及醫藥分業政策落實、全民健保資源合理運用。鑒於「門前藥局」問題特殊而複雜，且持續不斷擴延，本署為能統合因應，避免檢察官對個案偵辦寬嚴不一，認定歧異，謝文定檢察長於95年5月22日，在本署召開「門前藥局弊案偵辦聯繫會議」，邀請本署蔡碧玉主任檢察官、張文政兼書記官長，中央健保局六大分局所在地之地檢署顏大和（臺北）、凌博志（高雄）、江惠民（臺中）、劉惟宗（桃園）、朱朝亮（臺南）、鄭文貴（花蓮）等檢察長，中央健保局黃三桂副總經理、臺北分局蔡淑鈴經理、南區分局方志琳經理等相關人員與會，會中先由臺南地檢署朱朝亮檢察長進行「門前藥局」專案報告，經與會人員密切討論「門前藥局」案件處理及聯繫作為等各項事宜，做出：95年1月1日後經中央健保局認定為「門前藥局」者溢領費用，涉及詐欺及偽造文書罪嫌；該類案件由「門前藥局」所在地之地檢署偵辦，凡於95年6月30日前，主動向中央健保局撤銷不實藥局獨資認證，繳回溢領之藥事服務費及診所交付處方診察費者，予以寬減，向各地檢署自首者，地檢署將相關資料送請轄區中央健保局各分局彙整資料後正式移送，檢察官視個案情節之輕重，依法予以職權不起訴處分或緩起訴處分；逾自首寬減期限者，依法處理；全國採統一處理方式；中央健保局統籌負責，向醫藥界宣導及溝通等多項重要決定。

會後並以95年5月25日檢文廉字第0951000518號函將會議事項檢送本署所屬各地檢署及中央健保局等有關機關，作為檢察機關、中央健保局處理「門前藥局」案件之參考準則，儘速平息「門前藥局」紛爭，維護民眾就醫權益及健保醫藥服務秩序。

「門前藥局弊案偵辦聯繫會議」召開後，至95年6月30日寬減期滿，全國共計463家「門前藥局」向中央健保局提出獨資認證撤銷，並繳回溢領之處方箋釋出費及藥事服務費，總計追扣溢領點數約3.06億點（統計至97年2月）。95年7月1日中央健保局進而修正相關措施，調整基層診所門診診察費，取消一般處方釋出鼓勵點數25點，規定基層診所醫師診治病人後，應交付處方箋給病人，由病人自行選擇調劑場所，並調整藥事服務費部分給付標準，「門前藥局」問題終告落幕。