歷史背景

臺灣臺北地方法院檢察署於96年間，偵辦前臺北市長馬英九任職期間，特別費案件，認違反貪污治罪條例等提起公訴；同時間，臺灣臺南地方法院檢察署偵辦臺南市長許添財、副市長許陽明因首長特別費案件，認並未違反貪污治罪條例，而為不起訴處分，兩個案件，分由兩個地檢署偵辦，結論不同，在當時社會引起紛爭。

統一法律見解

96年4月27日下午3時，本署依據臺灣臺北地方法院檢察署、臺灣臺南地方法院檢察署所提出之法律問題，在本署召開會議，由張瑞楠主任檢察官擔任主持人，出席者計有許仲瑩、郭啟東、錢漢良、林炳雄、鄭富銘、洪泰文、張秋雲檢察官，會中經過討輪，決議：首長特別費是公款；首長特別費經首長具領後，即屬實質補貼；首長特別費基本上是公款，對於二分之一以領據支領之特別費部分領出後在使用時，實際上多有取據困難之情形，因循多年慣例，會計、審計單位均未實質審核，首長於使用、支配該筆款項時，主觀上認為是合理、合法的，應可認無犯罪之意圖；上開二分之一之特別費允許首長不需檢據核銷，是國家制度設計之問題，因此不論首長如何使用、支配特別費，係屬首長自由支配之權責範圍，均不涉刑責。但若有其他特殊（或不同）之狀況，仍須依據具體個案情節予以認定。
最高法院檢察署於96年5月8日在法務部第二辦公室召開會議，由陳聰明檢察總長擔任主持人，召集臺灣高等法院檢察署檢察長、各地法院檢察署檢察長及最高法院檢察署曾勇夫主任檢察官、江明蒼檢察官與會，同時邀請行政院主計處陳局長、黃研究委員、財政部賦稅署張署長、蔡專門委員、法務部江司長針對臺灣臺北、臺南地方法院檢察署所提出之法律問題共同討論後看法不一，意見紛歧，認為特別費屬實質薪資補貼或公款者均有多數，且理由豐富，討論結果認具體個案已繫屬法院，不宜做成統一見解，應依據個案認定之。本次會議聽取行政院主計處及財政部賦稅署說明特別費之規定、沿革及實務上之適用情形後，做成以下決議：此類案件，已繫屬法院，應尊重法院職權之行使，不適合由檢察長會議先行做出統一見解；每一個案之證據均有其特殊性，不但要考量其客觀事實，同時要注意其主觀意識，自不宜以法律問題之方式做成結論，應依具體個案情況認定之。

重要案例審判結果

一、馬英九案件，歷經三審判決無罪定讞。
二、許添財、許陽明案件（以領據報銷部分）不起訴處分確定。

法律之修正

事後立法院對會計法第99條之一有關針對各級政府依法編列之特別費等，提出修正草案。