102年10月大統長基食品廠股份有限公司遭檢舉以低價之葵花油及棉籽油混充標榜100%西班牙進口橄欖油、葡萄籽油等油品，並還添加「銅葉綠素」調色。該公司將此等油品販售與由魏○充擔任董事長之頂新製油實業股份有限公司（下稱頂新公司），再由頂新公司為同由魏○充擔任董事長之味全食品工業股份有限公司（下稱味全公司）代工，並透過各大通路流入食品市場。
隨後，屏東縣某村老農夫輾轉向臺中市政府警察局報案，稱其住處附近有郭○成所經營之地下油行煉製劣質動物油脂，惡臭難當；後於103年4月間轉由臺灣屏東地方法院檢察署指揮偵辦，查出強冠企業有限公司、鑫好企業有限公司、頂新集團之正義有限公司（下稱正義公司）等，以蒐集、進口國內外劣質飼料級動物油脂或皮革再製等方式，回收提煉此類油脂並流入油品及食品市場，更令民眾恐慌。
有鑒於劣質豬油事件，影響民眾身體健康，導致民眾恐慌，亦造成民眾與誤用劣質豬油之商家損失，全國多處檢察機關陸續收到衛生機關移送之此類案件，為避免重複偵辦及加強檢察與行政機關之聯繫，本署先於102年11月19日，由王添盛檢察長指派管高岳主任檢察官主持「食品安全相關法律問題等事宜會議」，統合相關法律見解。王檢察長復於103年10月15日邀集臺灣臺北、新北、桃園、臺中、彰化、雲林、嘉義、臺南、高雄、屏東、基隆地方法院檢察署，及行政院環境保護署、行政院農業委員會、衛生福利部食品藥物管理署、財政部關務署、法務部檢察司召開「研商辦理劣質豬油案件專案會議」，研商查緝案件之相關事宜，期結合政府相關部門力量，貫徹執行公權力之決心，維護社會大眾「食」的安全，消除民眾恐慌心理，確保國民身體健康。會議重要結論為：
一、劣質豬油對民眾身體造成危害，該類案件之偵辦，應列為現階段各地方法院檢察署最重要之工作項目，地檢署應依法務部訂頒「檢察機關打擊民生犯罪專案實施計畫」之機制，結合政府相關部門力量，強力查緝。
二、各地檢署應依證據從速、從實偵辦劣質豬油案件，蒐證應縝密、周延，務必深入追查相關企業經營者有無涉及不法，依法偵辦，絕不寬貸，並發揮檢察一體及團隊精神，齊心協力，積極辦理。
三、各地檢署偵辦是類案件，應統一偵查步調，其犯罪事證如有跨訴訟轄區，而需其他地檢署協助者，請相關地檢署就所掌握之事證先自行協調，如無法協調時，應報請本署統合及協調。
四、檢察官應積極追查劣質豬油之來源及流向，採取必要措施，防範該類物品繼續流入市面，並協助行政機關追回已流入市面之物品。
五、為避免犯罪行為人脫產致日後執行困難，檢察官應依刑事訴訟法或其他法律之規定，預為查扣犯罪所得，各地檢署於實施強制處分、查扣犯罪所得等方面應統一步調，如有法律適用之疑義時，報請本署協調。
六、檢察機關與各行政機關之協調、聯繫事項：檢察機關實施搜索或查證時，務必通知地方及中央（如衛生福利部食品藥物管理署各地區管理中心）相關行政主管機關人員會同，並請其提供專業意見；各行政主管機關如有要求檢察機關協助時，檢察機關應儘量協助支援；檢察機關偵辦案件之相關資料如不涉及「偵查不公開」時，得提供相關行政主管機關做行政處理。相關行政機關要求檢察機關提供偵辦中案件之資料時，宜敘明法律依據及使用目的，函請檢察機關提供，檢察機關提供之資料宜以「密件」處理，相關行政機關不宜再提供予第三人或機關；檢察機關查證後，認不涉及犯罪，惟涉及行政違規時，應通知相關行政機關做後續處理；相關行政機關將案件移送檢察機關偵查後，即進入偵查程序，不宜再對外作具體之說明，以免洩漏案件妨害後續之偵查；為便於檢察機關與行政機關之聯繫，建置偵辦劣質豬油案件聯繫窗口名冊，本署指定鄭鑫宏檢察官為聯繫窗口，亦請各地檢署及相關行政機關提供聯繫窗口人員姓名及聯絡電話，由本署彙整後提供各相關機關運用。
七、各地檢署就偵辦劣質豬油案件發布新聞時，應依相關規定妥適處理，並請於新聞稿內對於移送、提供線索或協助偵查之行政機關出力情形，一併敘明。

此後本署管高岳主任檢察官復主持2次「研商辦理劣質豬油案件專案會議」，分別針對機關行動統合法律見解與適用及未來修法方向等，達成4項共識：
一、協調相關地檢署偵查分工事宜，齊一偵查步調。
二、相關地檢署及辦案人員應嚴守偵查不公開，不得隨意洩露偵查中案件之內容。
三、地檢署偵辦劣質豬油案件時，如另發現其他劣質油品，因攸關民生及公共利益，請即通知相關行政主管機關，俾相關行政主管機關能及時採取必要措施，防範該類物品繼續流入市面，危害民眾健康。
四、對於媒體之報導，如認與事實不符者，應即時對外澄清。

本署所屬各地檢署偵辦劣質豬油案件，為深入追查並保全證據，以利日後檢察官蒐證及偵查，經本署統合由臺北地檢署及彰化地檢署於103年10月16日上午指派主任檢察官、檢察官率同檢察事務官、刑事警察局、保七總隊、中區國稅局、彰化縣衛生局等單位，對頂新公司負責人魏○充位於臺北市之帝寶住處、101大樓辦公室及味全食品工業股份有限公司、味全食品研究所及其分析檢驗中心等地點實施搜索並扣取相關資料及訊問相關證人5人。
本署為避免犯罪行為人脫產致日後執行困難，統合嘉義、高雄、臺南、彰化及臺北等地檢署於103年10月15日下午同步，依法律規定，預為查扣犯罪所得，頂新公司廠房、機具及設備等、味全公司負責人魏○充名下所有7檔股票及房地產共14筆，8家金融機構帳戶存款。
對於頂新公司與味全公司自大統長基公司購入包裝販售之調和油部分，經臺北地檢署以102年度偵字第22243號、103年度偵字第367號、第8945號、第10647號及第10646號提起公訴。迭經臺灣臺北地方法院以103年度金重訴字第21號及智易字第98號判決味全公司應執行罰金新臺幣（以下同）1,550萬元。魏○充等12人分別處有期徒刑4年至5月不等。嗣經二審即智慧財產法院審理後，於106年4月27日判決魏○充等4人分別處2年至10月不等之有期徒刑。此外，法院並宣告味全公司犯罪所得3,292萬8,820元應予沒收。
另就頂新集團旗下正義公司所涉及劣質動物性油脂部分，經彰化地檢署103年度偵字第9300號、第9367號、第9601號、第9713號及第9714號提起公訴，經臺灣彰化地方法院以103年度矚訴字第2號及104年度訴字第314號判決被告魏○充等人無罪。然經本署臺中檢察分署提起上訴後，經臺灣高等法院臺中分院於107年4月27日以104年度矚上訴字第1718號及第1722號分別判處魏○充等4人有期徒刑15年至8年6月不等，頂新公司科罰金2億5,000萬元，未扣案之犯罪所得1億434萬6,774元沒收。現上訴最高法院尚未確定。
有鑒於當時假油、劣油層出不窮，引發民怨，各界反應強烈，行政院乃設食品安全辦公室，統合各部會強力查緝假、劣油，本署也應法務部羅瑩雪部長之指示，相繼指派本署曾俊哲檢察官、臺灣士林地方檢察署孟玉梅檢察官進駐行政院食安辦公室，提供法律意見、協調查緝工作。迄今本署對行政院食安辦公室通報給法務部轉發本署之食安情資，本署均立即分案發交管轄之地方檢察署處理。