回答：

一、職掌業務不同
（一）智慧財產法院於97年7月1日成立，為處理智慧財產案件之專業法院，與臺灣高等法院同一位階，處理之案件性質包括民事、刑事、行政、執行；
（二）智慧財產檢察分署之全銜為臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署，乃因應智慧財產法院對應設置，為辦理智慧財產刑事案件第二審檢察事務之專責檢察機關，各地方及其高等檢察署分署檢察官辦理智慧財產法院組織法第3條第2款及第4款之刑事案件，其直接上級檢察署檢察長為臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署檢察長（由臺灣高等檢察署檢察長兼任）；
（三）智慧財產局隸屬經濟部，於88年成立（其前身為中央標準局），為處理智慧財產業務之行政機關，不負責檢察及審判業務。

二、所在位置不同。
智慧財產法院位於新北市板橋區縣民大道2段7號3樓、智慧財產分署位於臺北市中正區博愛路164號5樓，智慧財產局位於臺北市辛亥路2段185號3樓。